Àla fin des années 90, la secte Boko Haram est un mouvement de protestation dénonçant la corruption des gouverneurs du nord chargés d’appliquer la Charia. Ses partisans réclament une application intégrale du droit coranique et rejettent la « modernité » du Sud-Nigéria dont « l’éducation » dévoyée est considérée comme un péché. En 2003, son fondateur, Mohamed Yusuf et ses fidèles créent une communauté en milieu rural dite « cité céleste » dans l’État de Yobé. Ils en sont chassés par la population locale et expulsés de l’État. La plupart se retrouvent à Maïduguri dans l’État de Borno où les relations avec les autorités s’enveniment rapidement, émaillées de confrontations sporadiques. En juillet 2009, les forces de sécurité exterminent des centaines de membres de la secte, dont Mohammed Yusuf. Boko Haram change alors et devient une secte ultra-violente ; elle élargit le spectre de ses cibles et étend progressivement son aire géographique d’action pour couvrir en 2014 wla presque-totalité de la moitié nord du Nigéria.